พ.ศ. 2528

          มีฐานะเป็น “กองงบประมาณ” อยู่ภายใต้การกำกับของสำนักปลัดกรุงเทพมหานครตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง แบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร ตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกรุงเทพมหานคร พ.ศ.2528

พ.ศ.2540

          ยกฐานะเป็น “สำนักงานงบประมาณ” อยู่ภายใต้การกำกับของสำนักปลัดกรุงเทพมหานคร ตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง แบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 32)  เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม 2540

พ.ศ.2547

          ยกฐานะเป็น “สำนักงบประมาณกรุงเทพมหานคร”  โดยแบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง แบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 52)  เมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2547   ดังนี้
          1. สำนักงานเลขานุการ   
          2. กองวิชาการและแผนงาน
          3. กองวิเคราะห์งบประมาณ 1  
          4. กองวิเคราะห์งบประมาณ 2
          5. กองวิเคราะห์งบประมาณ 3  
          6. กองวิเคราะห์งบประมาณ 4

พ.ศ.2561 

          คณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร ได้มีมติในการประชุมครั้งที่ 3/2561 เห็นชอบปรับปรุงโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการการกำหนดอำนาจหน้าที่และการกำหนดกรอบอัตรากำลังของสำนักงบประมาณกรุงเทพมหานคร เพื่อให้มีความเหมาะสมกับภารกิจที่รับผิดชอบ โดยได้แบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง แบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 102)  เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2561  ดังนี้
          1. สำนักงานเลขานุการ   
          2. สำนักงานระบบงบประมาณ
          3. กองวิเคราะห์งบประมาณ 1  
          4. กองวิเคราะห์งบประมาณ 2
          5. กองวิเคราะห์งบประมาณ 3  
          6. กองวิเคราะห์งบประมาณ 4
          7. กองวิเคราะห์งบประมาณ 5  
          8. กองวิเคราะห์งบประมาณ 6

ที่มา:
 - ประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการ (2528, 7 พฤศจิกายน), ราชกิจจานุเบกษา, เล่ม 102 ตอนที่ 164 ก ฉบับพิเศษ, หน้า 16
 - ประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 32), (2450, 16 มิถุนายน), ราชกิจจานุเบกษา, เล่ม 114 ตอนพิเศษ 45 ง. หน้า 39
 - ประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 52), (2547, 12 มีนาคม), ราชกิจจานุเบกษา, เล่ม 121 ตอนพิเศษ 29 ง. หน้า 30-31
 - ประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 102), (2561, 26 กรกฎาคม), ราชกิจจานุเบกษา, เล่ม 135 ตอนพิเศษ 179 ง. หน้า 28-33